所有人都知道朱由崧为什么情绪不高，所以，不敢二话，便拥着坐上御辇的朱由崧夫妇返回了紫禁城；不过等到进入南京上城（也叫皇城）后，徐王朱由渠、钟烈王府便请旨提前告退，朱由崧许了；于是，两府相关人员便自行离队，剩下的队伍则继续向宫城进发。
接着，在浩浩荡荡的队伍通过紫禁城东华门时，一路随行驾的京营官兵留在了东华门外，随后被各自官长带回紫金山军营解散休整；而朱由崧与黄皇后也在东华门内，从马拉的大型车辇换乘了内监肩抬的单座小辇。
随后，朱由崧夫妇在朱慈焈及群臣的追随下继续前进，并在抵达尚未修复的奉天殿台阶前再次停了下来。
随即，朱由崧从奉命调转过来的抬辇上向身后随行的朱慈焈及群臣吩咐道：“太子回东宫休息，晚一点过来向朕报告，最近监国的事；马老先生，你带着诸卿也散了吧，明天，明天再说王老先生和廷推的事！”
朱慈焈便和群臣们叩首解散了，只剩下打着旗手卫旗号的大内侍卫护着朱由崧和黄皇后乘抬辇继续前往乾清门；当然，哪怕是充当朱由崧贴身护卫的旗手卫也是进不了乾清宫的，一到了乾清门外，他们就止步解散了。
朱由崧没有管旗手卫在乾清门外列队解散的事，而是坐在抬与上侧头跟并排而行、仅微微落后一点的黄皇后抱歉道：“皇后旅途劳累，回宫后且先休息吧，朕去看贤妃最后一眼、跟霍王、薛王说两句话，再回来。”
邹太后去世后，并没有搬离乾清宫、入住坤宁宫的黄皇后了然的对朱由崧言道：“皇爷还是要保证身体，不要过于哀伤了！”
朱由崧点点头，然后伸手在抬辇的扶柄上敲了敲，抬辇的宦官立刻偏转方向，将朱由崧送到了奉先殿----南京紫禁城眼下并没有完全修复，之前邹太后去世时，只能停灵于坤宁宫，这也是为什么黄皇后不愿意移居坤宁宫的原因之一；正是考虑到种种的忌讳，在邹太后去世后，朱由崧决定将作为天子家庙的奉先殿后殿作为宫妃去世后的停灵处。
抬辇移动速度不快，所以朱由崧下辇时，一身孝服的霍王朱慈烿、薛王朱慈焿已经带着各自妻儿迎了出来，看见儿孙们憔悴的身影和哭红的双眼，朱由崧也一阵悲哀，便双手一展。
周边伺候的内侍迅速替朱由崧脱去入城时穿的帝王常服、摘取了金丝翼善冠，换上了黑青色的家居打扮----朱由崧是皇帝，拘于礼制，是没办法为一个普通宫妃服丧的，甚至连一点孝服都不能穿，所以朱由崧只能以黑易白，表示自己对仲氏的怀念了。
见到朱由崧这副做派，明白过来的朱慈烿、朱慈焿带着妻儿跪倒在朱由崧面前，然后嚎啕大哭起来：“父皇，母妃到最后还想着见您一面！”
朱由崧走过去，一把揽住朱慈烿、朱慈焿兄弟，眼泪也留了下来：“痴儿啊，痴儿啊······”