所以，在明廷发出明确威胁后，萨摩高层不得不妥协了，当然，他们也狮子大开口跟大明要了更多的补偿，不过，跟谁做生意不是做呢，所以，只要有钱赚，大虎屋也是可以接受萨摩人的要求的。
于是，明弘光五年、日本后光明天皇庆安二年七月二十七日，萨摩正式同意放弃染指琉球的《掟十五カ条》、撤回设置在琉球境内的宫古岛在番奉行、琉球在番奉行和八重山岛在番奉行，并承认琉球是大明的藩属，侵犯琉球等同于侵犯大明本土。
进驻那霸的南洋舰队一部在萨摩正式承认放弃在琉球非法利益后，立刻以所载陆战营护送问责使前往首里城堡，然后在琉球文武大臣的面前，剥夺了琉球世子尚质的爵位，并将尚质及尚质的妻儿、兄弟姊妹、兄弟姊妹的家庭成员及相当一部分琉球大臣押上军舰，押回南京受审。
待琉球众人被强迫带到南京后，刚刚到任的理藩院院使王永吉便奉旨宣布第二尚氏屡次欺君罔上骗取册，实罪不可赦，但第二尚氏多年以来治理琉球也算有功，故免于第二尚氏一族死罪，废尚氏琉球郡王、降为郡伯、留南京居住；另，第一尚氏血脉不存，大明无法存亡续绝，故琉球除国，由大明收为郡县，暂设琉球县、暂隶福宁直隶州。
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至于琉球王国原有贵族，按王子-按司、亲方-亲云上的原有等级授予郡子、郡男爵位，也全部养在南京；至此，自中山国时代就臣服大明的外藩琉球，成为了历史，留下来的就只是大明国土琉球县了。
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说起来，朱由崧废琉球王、兼并琉球的做法让某些卫道士颇有些不满，认为以大欺小，非王道、乃霸道，不是圣君所为，但对于这些人的议论朱由崧却置若罔闻，权当他们在放屁。
而萨摩藩得知大明兼并琉球后，也是一肚子的羡慕嫉妒恨，不过除了上述情绪外，萨摩人也是一阵的后怕，没错，他们差一点准备虎口夺食，那可真就彻底跟大明不死不休了，所以，意识到问题严重性的萨摩人很快调整了心态，干脆利落的撤回了之前派驻在那霸的贸易站，权当萨摩人从来没有进出过琉球一样，甚至彻底忘记了九州岛以南海域中还有一串叫做琉球的群岛······
其实，在对琉球动手的同时，内务府也在对虾夷地、苦兀岛等地的爱奴族下手，接下来，这些散布在鲸海、鳄海各岛上的爱奴族各部都将被强行迁移到千岛群岛的大小岛屿上重新安置，并以授予自治权之名让他们自生自灭----总算朱由崧还授予各岛岛主及各部酋长以郡子、郡男的爵位，并答应每年都以爵禄的名义发放若干物资，以维持各岛爱奴人的生活，但封爵也好、给予物资也罢，目的只不过让这些岛和岛上的爱奴人以大明内藩的身份存在，以便将来虾夷地等地大明子民数量充实了，再缓缓实施改土归流----那些爱奴人留下的土地自然就被内务府拿来安置新的移民了······
此外，占据虾夷地渡来半岛南部的松前家也感受到了内务府的压力，以至于松前家去年刚刚继承家业的新当主松前高广不得不做出贡献版籍、请求归化大明的决定。
对于松前高广的决定，朱由崧欣然接受，决定赐高广宋姓，封郡侯，就连松前家的家老重臣也得到了郡男的爵位，只是朱由崧暂时还不想跟德川幕府翻脸，所以宋（松前）家目前被允许居住在渡来半岛，并对外继续以日本人装扮，依旧按时前往江户参觐······
当然，眼下大明朝廷财力长期紧张、国内镇戎兵马的设置也没完全完成，所以如今朱由崧除了在力量相对充沛、足以压倒外部力量的地区动一动手脚、吃下几块小点心外，暂时还没有力量针对危害性更大的西南地区土司进行广泛的改土归流----过去二十年，大明损失了相当多的人口，大量土地抛荒，所以短时间内也不用打土司治下领地的主意----就只能暂时承认地方土司的世袭权威，并授予郡爵来稳住各地土司，不让他们闹出乱子来，打乱大明的恢复，至于改土归流问题，只好待日后在徐徐而图之了······