然而，这一次的原子弹轰炸进展得并不太顺利，“博克之车”号b-29重型轰炸机刚起飞不久便发现有一个油箱出了故障，这造成了“博克之车”号b-29重型轰炸机上的六百加仑燃料可能无法使用。
不过，在斯威尼机组粗略的计算了一下这次“博克之车”号b-29重型轰炸机的航程后，认为剩余的燃料基本够用，所以决定继续执行这次轰炸飞行。
当“博克之车”号b-29重型轰炸机飞到硫磺岛上空的汇合点时，另外两架提前起飞的b-29重型轰炸机观测和负责照相的b-29重型轰炸机本来应该在那里等候与之汇合，可是“博克之车”号b-29重型轰炸机只遇到了其中应该在汇合点集合的一架b-29重型轰炸机。
斯威尼机组的“博克之车”号b-29重型轰炸机在硫磺岛上空飞行等候了三十分钟然然不见另外一架b-29重型轰炸机的踪影，于是，“博克之车”号b-29重型轰炸机毅然朝着日本九洲北部的小仓飞去。
九点零五分，“博克之车”号b-29重型轰炸机飞抵小仓上空，但是，这天的日本小仓上空气象条件非常的差，空中布满厚厚的云层，地面也是浓烟滚滚，能见度极低。
“博克之车”号b-29重型轰炸机在日本小仓的上空盘旋了三圈，却始终没有能够找到投放原子弹的瞄准点，也就是小仓市区中的五号军火库。
这时，日军在小仓的地面防空部队对空中的“博克之车”号b-29重型轰炸机发射了密集的高射炮火，这让“博克之车”号b-29重型轰炸机飞机只能是提高飞行高度来躲避日军的防空炮火。
当斯威尼机组决定再一次进入小仓上空搜寻去寻找瞄准点的时候，无线电报务员报告，从截获的日本航空兵使用的频率看，可能会有战斗机升空对“博克之车”号进行拦截。
顿时，“博克之车”号b-29重型轰炸机上一阵慌乱，斯威尼机组来不及与基地联系便调转“博克之车”号b-29重型轰炸机的机头，决定将原子弹的投放地改为日本的长崎。
于是，“博克之车”号b-29重型轰炸机向小仓西南九十七英里处的第二目标地长崎飞去。
离开小仓后，斯威尼机组向基地发报，因为小仓上空天气能见度太低无法投弹，所以改为轰炸日本的长崎。
十点二十八分，“博克之车”号b-29重型轰炸机抵达日本长崎上空，而这天长崎也是多云的天气，这让“博克之车”号b-29重型轰炸机在第一次进入长崎上空的时候，也没有能够找到轰炸目标瞄准点。
此时，“博克之车”号b-29重型轰炸机上的燃料表指针也在急剧的下降，斯威尼机组更是心情异常的紧张，最后，斯威尼机组决定第二次进入长崎的时候，无论如何也要把这颗“胖子”投下去。